Departamento de Bioquímica

Dra. Leticia Haydeé Ramírez Silva

lramirez@bq.unam.mx

Facultad de Medicina, 2º piso Torre de Investigación

Laboratorio de Péptidos y Proteínas.

Tel. +52 (55) 56232133

Investigación de interés

Estoy interesada en estudiar las diferentes propuestas que la piruvato cinasa ha encontrado para alcanzar su conformación activa durante la evolución. A partir del análisis filogenético de la familia de la piruvato cinasa hemos encontrado que la enzima se encuentra en dos grandes ramas. Una de estas está conformada por piruvato cinasas que dependen del K⁺ para expresar su actividad, mientras que la otra rama esta formada por enzimas independientes del catión. Entender el papel del catión monovalente en la rama de las enzimas dependientes y los mecanismos que utilizan aquellas enzimas independientes de él nos ha permitido entender como cataliza la piruvato cinasa en los diferentes dominios de la vida.

Líneas de Investigación

Caracterización cinética y estructural de dos piruvato cinasa de Vibrio cholerae: una dependiente de K⁺ y otra independiente de K⁺.
Construcción, expresión, purificación y caracterización cinética y estructural de las mutantes E117K, E117L/T113L, E117K/T113L/K114Q, E117K/T113L/K114Q/T120L. Los residuos de las posiciones 113, 114, 117 y 120.
Estos residuos pertenecen a la firma de los residuos conservados de los grupos de las piruvato cinasas dependientes de K⁺sustituídos por los residuos de la firma del grupo de las piruvato cinasas independientes de K⁺.
Caracterización cinética y estructural de la piruvato cinasa de Thermophilum pendens y de mutantes V70E, V70K y otras mutantes de residuos de la tapa.

Trayectoria profesional

Profesor Titular “A” TC, SNI I, Facultad de Medicina (desde 2006)

Publicaciones

García-Trejo JJ, Rojas-Alcantar S, Alonso-Vargas M, Ortega R, Benítez-Guzmán A, Ramírez-Silva L, Pavón N, Peña-Segura C, Méndez-Romero O, Uribe-Carvajal S and Cadena-Ramírez A. A New Real-Time Simple Method to Measure the Endogenous Nitrate Reductase Activity (Nar) in and Other Denitrifying Bacteria. (2024) Int J Mol Sci. 25, Pubmed Int J Mol Sci PMC Article

Ramírez-Silva L, Hernández-Alcántara G, Guerrero-Mendiola C, González-Andrade M, Rodríguez-Romero A, Rodríguez-Hernández A, Lugo-Munguía A, Gómez-Coronado PA, Rodríguez-Méndez C and Vega-Segura A. The K-Dependent and -Independent Pyruvate Kinases Acquire the Active Conformation by Different Mechanisms. (2022) Int J Mol Sci. 23, Pubmed Int J Mol Sci PMC Article

Alba-Martínez Z, Ramírez-Silva L and Hernández-Alcántara G. Exploring the differences between the three pyruvate kinase isozymes from Vibrio cholerae in a heterologous expression system. (2018) BMC Res Notes. 11, 527 Pubmed BMC Res Notes PMC Article

Ramírez-Silva L, Guerrero-Mendiola C and Cabrera N. The importance of polarity in the evolution of the K+ binding site of pyruvate kinase. (2014) Int J Mol Sci. 15, 22214-26 Pubmed Int J Mol Sci PMC Article

Zarco-Zavala M, Morales-Ríos E, Mendoza-Hernández G, Ramírez-Silva L, Pérez-Hernández G and García-Trejo JJ. The ζ subunit of the F1FO-ATP synthase of α-proteobacteria controls rotation of the nanomotor with a different structure. (2014) FASEB J. 28, 2146-57 Pubmed FASEB J

Guerrero-Mendiola C, Oria-Hernández J and Ramírez-Silva L. Kinetics of the thermal inactivation and aggregate formation of rabbit muscle pyruvate kinase in the presence of trehalose. (2009) Arch Biochem Biophys. 490, 129-36 Pubmed Arch Biochem Biophys

José-Nuñez C, Torres-Larios A, Ramírez-Silva L, Mendoza G, Salcedo G, Gómez-Puyou A and Tuena de Gómez-Puyou M. Catalysis by isolated beta-subunits of the ATP Synthase/ATPase from Thermophilic bacillus PS3. Hydrolysis of pyrophosphate. (2008) J Bioenerg Biomembr. 40, 561-8 Pubmed J Bioenerg Biomembr

Barquera B, Ramirez-Silva L, Morgan JE and Nilges MJ. A new flavin radical signal in the Na(+)-pumping NADH:quinone oxidoreductase from Vibrio cholerae. An EPR/electron nuclear double resonance investigation of the role of the covalently bound flavins in subunits B and C. (2006) J Biol Chem. 281, 36482-91 Pubmed J Biol Chem

Oria-Hernández J, Riveros-Rosas H and Ramírez-Sílva L. Dichotomic phylogenetic tree of the pyruvate kinase family: K+ -dependent and -independent enzymes. (2006) J Biol Chem. 281, 30717-24 Pubmed J Biol Chem

Oria-Hernández J, Cabrera N, Pérez-Montfort R and Ramírez-Silva L. Pyruvate kinase revisited: the activating effect of K+. (2005) J Biol Chem. 280, 37924-9 Pubmed J Biol Chem

Barquera B, Nilges MJ, Morgan JE, Ramirez-Silva L, Zhou W and Gennis RB. Mutagenesis study of the 2Fe-2S center and the FAD binding site of the Na(+)-translocating NADH:ubiquinone oxidoreductase from Vibrio cholerae. (2004) Biochemistry. 43, 12322-30 Pubmed Biochemistry

Ramírez-Silva L and Oria-Hernández J. Selectivity of pyruvate kinase for Na+ and K+ in water/dimethylsulfoxide mixtures. (2003) Eur J Biochem. 270, 2377-85 Pubmed Eur J Biochem

De la Vega-Ruíz G, Domínguez-Ramírez L, Riveros-Rosas H, Guerrero-Mendiola C, Torres-Larios A, Hernández-Alcántara G, García-Trejo JJ and Ramírez-Silva L. New insights on the mechanism of the K(+-) independent activity of crenarchaeota pyruvate kinases. (2015) PLoS One. 10, e0119233 Pubmed PLoS One PMC Article

De la Vega-Ruíz G, Domínguez-Ramírez L, Riveros-Rosas H, Guerrero-Mendiola C, Torres-Larios A, Hernández-Alcántara G, García-Trejo JJ and Ramírez-Silva L. Correction: New Insights on the Mechanism of the K+-Independent Activity of Crenarchaeota Pyruvate Kinases. (2015) PLoS One. 10, e0129757 Pubmed PLoS One PMC Article

Guerrero-Mendiola C, García-Trejo JJ, Encalada R, Saavedra E and Ramírez-Silva L. The contribution of two isozymes to the pyruvate kinase activity of Vibrio cholerae: One K+-dependent constitutively active and another K+-independent with essential allosteric activation. (2017) PLoS One. 12, e0178673 Pubmed PLoS One PMC Article

Mendoza-Hoffmann F, Yang L, Buratto D, Brito-Sánchez J, Garduño-Javier G, Salinas-López E, Uribe-Álvarez C, Ortega R, Sotelo-Serrano O, Cevallos MÁ, Ramírez-Silva L, Uribe-Carvajal S, Pérez-Hernández G, Celis-Sandoval H and García-Trejo JJ. Inhibitory to non-inhibitory evolution of the subunit of the FF-ATPase of and -proteobacteria as related to mitochondrial endosymbiosis. (2023) Front Mol Biosci. 10, 1184200 Pubmed Front Mol Biosci PMC Article

Posdoctorados y estancias

Estancia en la universidad Federal de Rio de Janeiro (3.5 meses en 1992)
Estancia en la Universidad de Urbana, Il (6 meses en 2002)
Estancia en la Universidad de Notre Dame IN, Il (3 semanas en 1993)

Formación académica

Doctorado en Investigación Biomédica Básica (1990-1995), UNAM, Instituto de Fisiología Celular, México
Maestría en Ciencias Biomédicas (1986-1989), UNAM, Facultad de Medicina, México
Licenciatura en Biología (1977-1982), UAM-X, México.

Premios y distinciones

Mención honorífica por estudios de Doctorado (1995)

Estudiantes

Gustavo de la Vega Ruíz (Tesis de Doctorado)

Carlos Alberto Guerrero Mendiola (Tesis de Doctorado)

Paul Alejandro Gómez Coronado (Tesis de Licenciatura)

Erick Daniel Aguilar Vela (Tesis de Licenciatura)

Alan Omar Lugo Munguía (Tesis de Licenciatura)